Documento do rei D. Dinis, datado de 1 de março, que anuncia a fundação, em Lisboa, do “Estudo Geral”, na sequência de uma Súplica que lhe fora endereçada dois anos antes por um vasto grupo de clérigos portugueses. Confirmação pelo papa Nicolau IV, a 9 de agosto de 1290, através da Bula De Statu Regni Portugalliae. Portugal torna-se, assim, o quinto Estado a aderir à Europa universitária, integrando o escasso lote de quinze universidades ativas ao findar o século XIII.

A transferência do Estudo Geral, de Lisboa para Coimbra, reconheceu a preeminência cultural da cidade (Sé, Mosteiro de Santa Cruz) e terá também ficado a dever-se a uma maior facilidade em acomodar a comunidade universitária e a um ambiente mais propício ao estudo.

Cedência do Paço Real ao Infante D. Pedro, duque de Coimbra e futuro Regente do Reino (1439-1449). Reformas importantes na Capela de São Miguel e em toda a ala poente (com uma nova área residencial).

O Livro 1 dos Livros da Universidade de Lisboa de 1506 a 1526 contém a primeira referência documental a uma biblioteca na Universidade, provavelmente de acesso público (o que não era vulgar na época).

João III fixa para sempre a Universidade em Coimbra e remodela-a, cedendo-lhe o Paço Real. São criados vários Colégios (o das Artes, o de S. Paulo e o de S. Pedro). O corpo docente é renovado, dentro de um novo espírito científico. Em Coimbra ensinam agora professores de nível mundial, como o matemático português Pedro Nunes, ou o filósofo e teólogo espanhol Francisco Suárez (conhecido como Doctor Eximius), além de mestres franceses, escoceses e flamengos, entre outros.

O Colégio de Coimbra foi um dos primeiros instituídos pela Companhia de Jesus em todo o Mundo. Ganhou fama por um conjunto de comentários (produzidos entre 1592 e 1606) às principais obras de Aristóteles; os autores deste trabalho de reputação internacional são conhecidos como “Os Conimbricenses”. No seu Colégio de La Flèche, por exemplo, foi pelo Curso Aristotélico Conimbricense que Descartes estudou.

A Universidade compra o Paço Real ao rei Filipe I (Filipe II de Espanha). Pela primeira vez na história da Europa, uma Universidade instala-se num Palácio Real, situação que perdurou até aos nossos dias.

Reforma da Sala dos Capelos, no âmbito da Restauração e no Reitorado de D. Manuel Saldanha. A obra foi dirigida pelo mestre António Tavares e o teto foi construído por Francisco Morais e pintado por Jacinto Pereira da Costa. Desta época data também a célebre galeria de retratos régios (de D. Afonso Henriques a D. João IV, mas não incluindo os monarcas espanhóis), da autoria do pintor dinamarquês Karl Falch. A Sala adquiriu nesta época a configuração que apresenta hoje, incluindo os revestimentos a azulejo, as grades de pau-santo e a cátedra maneirista, entre outros aspetos.

Construção de um novo edifício na ala poente do Paço Real, destinado a albergar a «Casa da Livraria». Desconhece-se quem foi o arquiteto da obra, que a própria Universidade financiou, mas o resultado final foi … a mais bela biblioteca barroca do Mundo! Guardam-se aqui cerca de 60.000 obras, em especial dos séculos XVI a XVIII, em línguas muito diversas.

O órgão barroco, um milagre de aproveitamento do espaço disponível, foi construído pelo organeiro beneditino Manuel de S. Bento Gomes, sendo a pintura de “chinoiserie” atribuída a Gabriel Ferreira da Cunha. A sonoridade deste órgão de múltiplos registos é excecional, sendo provável que tenha sido estreado por Carlos Seixas, natural de Coimbra, antigo organista da Sé e músico destacado na corte de D. João V.

O próprio Marquês de Pombal veio a Coimbra entregar os novos Estatutos. Foram então criadas duas novas faculdades: a de Matemática e a de Filosofia Natural (Ciências Naturais). Deu-se a adaptação de alguns edifícios (como os dos Jesuítas, expulsos), a par de novas construções em estilo neoclássico, com projetos desenhados pelo Tenente-Coronel Guilherme Elsden. A UC lançou-se então, de forma pioneira, na via da ciência experimental, sendo dotada de «Laboratorio Chimico», Teatro Anatómico, Gabinete de Física, Observatório Astronómico, Imprensa da Universidade, entre outros equipamentos. Prepara-se também a fundação do Jardim Botânico, segundo um projeto do naturalista italiano Domenico Vandelli, seu primeiro diretor.

No contexto das Invasões Francesas, forma-se em Coimbra um corpo de Voluntários Académicos. O Batalhão, incluindo algumas dezenas de estudantes (entre os quais um Sargento de Artilharia, Bernardo António Zagalo) avança para a Figueira da Foz, onde toma o Forte de Santa Catarina aos Franceses. Seguem-se operações em Leiria e região envolvente, lideradas pelo Major de Engenharia, Tristão da Costa Silveira (lente de Matemática). Neste contexto, nasce o primeiro jornal de Coimbra: «Minerva Lusitana».

Data do alvará que aprova os estatutos da Academia Dramática, que se passa a designar Associação Académica de Coimbra. O primeiro presidente foi um estudante de Direito, chamado António Luís Gomes. A sua primeira sede foi o antigo Colégio de São Paulo Apóstolo, no local onde está hoje instalada a Biblioteca-Geral da UC.

Inicio do movimento estudantil de contestação ao regime do Estado Novo. Neste dia, aquando da inauguração do edifício da Matemática, em que estiveram presentes o Presidente da República (Almirante Américo Tomás) e o Ministro da Educação Nacional (Dr. José Hermano Saraiva), entre outras personalidades, o Presidente da Direção-Geral da Associação Académica de Coimbra, Alberto Martins, aluno da Faculdade de Direito, pediu a palavra mas não foi autorizado a falar. Era o início da maior crise estudantil jamais registada em Portugal.

Trata-se do 15.º bem português classificado pela UNESCO, na sequência de um processo lançado em 2004 pelo Reitor Fernando Seabra Santos. A Universidade de Coimbra é uma das raras universidades do Mundo a ostentar este estatuto. Na decisão final da UNESCO, tomada numa reunião no Camboja, teve bastante importância o apoio dos países da comunidade de língua oficial portuguesa. Em 2019, o Museu Nacional de Machado de Castro foi integrado na área classificada.